Biyolojik Çeşitlilik ve Ekosistem Hizmetleri Şube Müdürlüğünün görevleri şunlardır:

a) Biyolojik çeşitliliğin korunmasını ve sürdürülebilir kullanımını sağlamaya ilişkin iş ve işlemleri yürütmek, bu amaçla ilgili kurum ve kuruluşlarla iş birliğini koordine etmek,

b) Biyolojik çeşitliliğe ilişkin envanter çalışmaları yapmak veya yaptırmak,

c) Tür koruma eylem planlarını hazırlamak, uygulamak, uygulatmak,

ç) Uluslararası sözleşmeler kapsamında korumakla yükümlü olunan ve/veya koruma altına alınan canlı türleri ile nesli tehlikede, nadir, tehlikeye düşebilir canlı türlerinin hayat ortamlarının belirlenmesi ve korunmasına ilişkin iş ve işlemleri yürütmek,

d) Bölge Müdürlüğü görev alanına giren konularda merkez ve taşra birimleri için yıllık eğitim programlarının hazırlanmasını sağlamak, hizmet öncesi, farkındalık ve hizmet içi eğitimlerin uygulanması ile ilgili iş ve işlemleri yapmak ve yaptırmak,

e) İmar Kanunu, çevresel etki değerlendirmesi ve orman izinleri kapsamında iş ve işlemleri yürütmek,

f) Ekosistem hizmetleri ve iklim değişikliğinin etkilerine yönelik iş ve işlemleri yapmak veya yaptırmak,

g) Dış kaynaklı projeler ile ilgili iş ve işlemleri yürütmek, koordinasyonu sağlamak,

ğ) Faaliyet konularıyla ilgili sistemlere veri teminine ilişkin iş ve işlemleri yapmak,

h) Bölge Müdürü tarafından verilen görevleri yapmak.​​